Eskişehir Hasan Polatkan Havalimanı’nın trafiğe açılışı, Eskişehir Teknik Üniversitesi Havacılık ve Uzay Bilimleri Fakültesi’nin temellerini oluşturan Sivil Havacılık Meslek Yüksekokulu'nun (SHMYO) 1986 yılında kurulmasına dayanmaktadır. 1989 yılında “Eskişehir Anadolu Havaalanı” adıyla trafiğe açılan havalimanının temel misyonu SHMYO’nun Pilotaj ve Hava Trafik Kontrolü Bölümlerinin eğitim faaliyetlerinin yürütülmesi iken bu sayede daha o yıllardan itibaren bölge halkına hava taşımacılığı hizmetinin sunulması da mümkün hale geldi. Nitekim sözü edilen dönemde ImsıkAir ve Top Air adlı havayolu işletmeleri “Eskişehir Anadolu Havaalanı” üzerinden İstanbul-Eskişehir-Bodrum ve İstanbul-Eskişehir hatlarında tarifeli seferler düzenledi.
Eskişehir Hasan Polatkan Havalimanı'nın paydaşları, temel misyonu havacılık eğitimi gibi görülse de bu havalimanının hava taşımacılığındaki potansiyelinin hep farkında oldu. Bu kapsamda Eskişehir’de yaşayanların, Belçika’daki hemşehrilerimizin, sivil toplum kuruluşlarının ve iş dünyasının yoğun talepleri üzerine Üniversite tarafından gerekli çalışmalar başlatılarak Havalimanının 2005 yılı içerisinde yurt dışı uçuşlar için uygun standartlara getirilmesi sağlandı. Sonuç olarak Havalimanı 19/09/2005 tarihli Bakanlık Oluru ile geçici hava hudut kapısı olarak ilan edildi ve aynı yıl Eskişehir-Brüksel hattında ilk yurt dışı uçuşlar başladı. Öte yandan çeşitli dönemlerde THY tarafından İstanbul-Eskişehir hattında, Bora Jet tarafından ise İstanbul-Eskişehir-İzmir hattında tarifeli seferler düzenlendi. Havalimanı, trafiğe açıldığı 1989 yılından bu yana eğitim uçuşlarının yanı sıra tarifeli ve tarifesiz yolcu taşımacılığı, hasta nakli, yangınla mücadele, devlet görevlilerinin uçuşları ve hava taksi gibi havacılık faaliyetleri kapsamında sadece Eskişehir’e değil aynı zamanda bölgeye de hizmet vermektedir.
Zaman içerisinde güncellenen uluslararası ve ulusal düzenlemeler kapsamındaki gereklilikleri sağlayan Eskişehir Hasan Polatkan Havalimanı, 2007 yılında Sivil Havacılık Genel Müdürlüğü tarafından “Havaalanı Yapım, İşletim ve Sertifikalandırma Yönetmeliği (SHY-14A)” kapsamında ruhsatlandırılan 21. havalimanı oldu. Uluslararası Sivil Havacılık Teşkilatı düzenlemelerini karşılamanın yanı sıra ülkemizdeki düzenlemeler açısından da güvenli ve emniyetli olduğu böylece belgelenmiş olan Havalimanı, dünyada bu ruhsata sahip ilk ve tek üniversite havalimanı olma unvanını aldı. Öte yandan havalimanının güvenlik, seyrüsefer, arama kurtarma, yangınla ve kış şartlarıyla mücadele gibi alanlardaki alt yapısı 2008-2010 yılları arasındaki çeşitli yatırım projeleriyle daha da güçlendirildi.
Belçika, Almanya, Fransa ve İstanbul ile Eskişehir arasındaki yolcu talebini daha büyük uçaklarla karşılamak isteyen havayolu işletmelerinin başvurusu ve yukarıda sözü edilen paydaşların yeni talepleri dikkate alınarak 2011 yılında yeni bir alt yapı geliştirme projesi gerçekleştirildi. Bu kapsamda Pist-Apron-Taksi yolu (PAT) sahaları genişletildi ve mukavemetleri artırıldı. 3000 metre uzunluğunda ve 45 metre genişliğinde olan pist boyutlarına ulaşıldı, yolcu trafiğine hizmet etmek amacıyla apron genişletme çalışmaları da tamamlandı.
Eskişehir Hasan Polatkan Havalimanı 21.10.2020 tarihli 3115 sayılı Cumhurbaşkanlığı kararı ile uluslararası giriş-çıkışa açık daimi hudut kapısı olarak belirlendi. Günümüzde Belçika, Almanya, Hollanda ve Fransa’daki altı uçuş noktasına (Brüksel, Ostent/Brugge, Lyon, Amsterdam, Düsseldorf ve Köln) dış hat uçuşları yapılmaktadır. 2021 yılı yolcu trafik sayısı 27.000'e ulaşmış olup (16 Temmuz 2021 itibari ile), trafik yaz döneminde artarak devam etmektedir.
